In "X-Men: Destiny" steuert der Spieler das Schicksal einer der drei brandneuen Mutanten welche gezwungen sind, zwischen der Rettung der Menschheit oder dem sicheren Untergang ihrer zu wählen. Die verzweigte Handlung, geschrieben vom anerkannten Marvel Author Mike Carey, lässt den Spieler seinen Pfad, seine Kräfte und die Entwicklung seines Charakters frei wählen. Der Spieler entscheidet auf welcher Seite der Mutanten er steht und kämpft - mit oder gegen die bekannten Marvel- Charaktere aus dem X-Men Universum wie z.B. Magneto, Cyclops, Wolverine und Gambit.