Ein mehr als 40 Jahre andauernder Krieg zwischen den Nationalisten und Kräften der Koalition hat die Welt von "Damnation", das historische Nordamerika erschüttert. Die natürlichen Ressourcen sind vernichtet und der Industriemagnat W. D. Prescott, Anführer von Prescott Standard Industries, überrennt das von den Kämpfen verwüstete Land, um die Überbleibsel des Militärs zu vernichten, die Zivilbevölkerung zu unterwerfen und seine eigene Ordnung zu etablieren. In der Rolle von Rourke, einem Mitglied der Peacemaker-Rebellen, macht sich der Spieler auf eine lange und gefahrvolle Reise, die düstere Wahrheit hinter Prescott Industries zu enthüllen, eine verlorene Liebe wieder zu finden und die Welt von Damnation zu retten.